3심－대법원 2025두34204(2025.9.25.) 취득세

원고 : 자연인, 피고 : 00시장

■ 원고 주장

원고는 2019.6.28. 이 사건 부동산에 무지개 요양원을 설립하여 운영하다가 종전에 운영하던 요양원 관련 교육원의 문제로 구속이 되는 바람에 부득이하게 2019.10.18.경 요양원을 휴업하였다가 2021.3.30. 폐업이 된 것이다.

원고는 2021.2.경 출소한 후 경매절차 진행 중이던 이 사건 부동산에 다시 요양원을 운영하기 위하여 배우자 ○○○에게 이 사건 부동산을 명의신탁한 후 결격이 된 원고 대신 ○○○ 명의로 요양원을 운영한 것이다.

이와 같이 원고와 ○○○은 부부관계인 경제적 공동체로서 이 사건 부동산을 소유하고 요양원을 운영하였으므로, 구 지방세특례제한법 제178조 제2호에서 규정하는 '해당용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 경우'라고 볼 수 없다.

따라서 이 사건 경정청구는 타당함에도 이를 거부한 이 사건 처분은 중대·명백한 하자가 있으므로 무효이다.

■ 일자별 사건 흐름

2018.6.28.

* 원고, 이 사건 부동산을 매매대금 10억 원에 취득함.
* 같은 날 취득세 등 4,600만 원 신고·납부함. (취득일)

2019.6.28.

* 원고, 장기요양기관 지정(○○○요양원, 기관장: 원고)받음.
* 같은 날 무료노인복지시설 설치·운영 목적을 이유로 취득세 감면 신청(지방세특례제한법 제20조 제1호)함.

2019.7.30.

* 취득세 4,600만 원 전액 감면·환급받음.

2019.8.13.

* 원고 구속됨, 금고 이상의 실형임.

2019.9.10.~11.10.

* 원고, 노인복지시설 운영에 따라 요양급여를 청구함.
* 2019.10. 이후 운영 중단됨.

2020.6.25.

* 피고 공무원 요양원 현장 조사.
* 출입문이 잠겨 있고, 요양원 미운영 상태 및 일부 공간 창고 사용 확인함.

2021.2.11.

* 원고 출소함.

2021.3.30.

* 노인장기요양보험법상 결격사유(노인장기요양보험법 제32조의2 제5호: 금고 이상의 실형 시 장기요양기관 설치 안 됨)가 존재함에 따라 요양원 폐업 처리됨.

2021.6.17.

* 피고 공무원 사후관리 현장조사.
* 노인요양원 목적사업 미이행 확인됨.
* 이 사건 부동산 옆이 공사 중이고 화장실에 잡다한 물건이 적치되어 있음.

2021.9.9.

* 원고는 배우자 ○○○과 이 사건 부동산 매매계약 체결(매매대금 17억 원)함.

2021.9.10.

* 원고의 배우자는 취득세를 신고하고 감면 신청함(지방세특례제한법 제20조 제1호).
* 소유권이전등기 완료함.

2021.9.28.

* 원고, 최초 취득세 4,600만 원 재신고·납부함(지특법 제178조 제2호에 따라 목적사업 직접사용기간 2년 미만 상태 사업부동산 매각).
* 동시에 "배우자 명의 이전"을 부부는 경제공동체이므로 직접사용으로 보아야 함을 이유로 취득세 환급 경정청구 제기함.

2021.10.25.

* 피고, 원고의 경정청구를 거부처분함.
* 부부라도 별개의 권리·의무 주체임.
* 원고 자신이 노인요양원 2년 직접 사용해야 함.

2022.3.24.

* 원고, 조세심판청구 제기함.

2022.3.29.

* 원고, 경기도지사에 경정거부처분 이의신청 제기함.

*2022.5.1.

* 원고 배우자 ○○○은 피고로부터 이 사건 부동산에 "장기요양기관명: ○○○요양원, 장기요양기관기호: 1－41360－01045, 장기요양기관의 장: ○○○"으로 한 장기요양기관 지정을 받음.

2022.5.30.

* 경기도지사, 원고의 이의신청 기각 결정함.

2022.7.6.

* 경기도지사는 이의신청 결정서를 원고에 송달함.

2023.6.2.

* 조세심판원, 원고의 심판청구를 청구기간 90일 도과(지방세기본법 제91조)를 이유로 각하 결정함.

2023.6.8.

* 원고는 청구기간 도과로 행정소송을 제소기간의 제한이 없는 무효확인소송("취득세 경정거부처분 무효확인소송")으로 진행함(행정소송법 제38조).

■ 법원 결정 (지법(고법)과 대법결정이 상이, 원고 승(제3의 결론))

지법, 고법 및 대법 결정

과세처분이 당연 무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지 여부를 판별할 때에는 그 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적·의미·기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다.

그리고 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져서 해석에 다툼의 여지가 없음에도 과세관청이 그 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 하였다면 그 하자는 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 과세관청이 이를 잘못 해석하여 과세처분을 하였더라도 이는 과세요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원 2018.7.19. 선고 2017다242409 전원합의체 판결 등 참조).

구 지방세특례제한법 제178조 제2호에 정하는 "해당 용도로 직접 사용한다"고 함은 그 부동산의 소유자 또는 사실상 취득자의 지위에서 현실적으로 이를 해당 용도로 직접 사용하는 것을 의미한다고 봄이 타당하다.

그리고 위 조항에 따른 추징사유의 존부는 특별한 사정이 없는 한 취득세 납세의무자별로 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2015.3.26. 선고 2014두43097 판결 등 참조).

부동산취득세는 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착하여 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종으로서 부동산의 취득자가 그 부동산을 사용·수익·처분함으로써 얻어질 이익을 포착하여 부과하는 것이 아니므로, 지방세법 제7조 제1항의 '부동산 취득'이란 부동산 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지 여부와 관계없이 소유권이전의 형식에 의한 부동산취득의 모든 경우를 포함하는 것으로 해석되고(대법원 2007.4.12. 선고 2005두9491 판결 등 참조), 명의신탁해지를 원인으로 소유권이전등기를 마친 경우도 여기에 해당한다(대법원 2002.5.28. 선고 2002두2079 판결 등 참조).

앞서 인정한 사실들에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 처분에 원고가 주장하는 위법이 있다고 보기 어렵고, 더욱이 중대·명백한 하자가 있다고 볼 수는 없으므로, 원고의 주장을 받아들이지 아니한다.

원고는 2018.6.28. 이 사건 부동산을 취득한 후 2021.9.10. 배우자 ○○○에게 매매로 인한 소유권이전등기를 마쳐주어 매각하였다.

원고는 배우자 ○○○에 대한 소유권이전이 매각이 아니라 명의신탁이라고 주장하나, 이를 인정할 아무런 자료가 없다.

나아가 원고가 ○○○에게 명의신탁의 의사로 이 사건 부동산의 소유권을 이전하였다고 하더라도, 지방세법상 취득세에 관하여 부동산 취득이란 부동산 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지 여부와 관계없이 소유권이전의 형식에 의한 부동산취득의 모든 경우를 포함하는 것으로 해석되는바, 취득세 감면요건에 해당하여 취득세를 감면받았다가 매각·증여에 해당한다는 이유로 감면된 취득세를 추징하는 경우 매각·증여도 취득세를 부과할 때와 마찬가지로 소유권이전의 형식에 의한 부동산의 매각·증여가 있는지에 따라 판단하여야 할 것이므로, 원고의 ○○○에 대한 소유권이전이 구 지방세특례제한법 제178조 제2호에서 정하는 '매각'에 해당하지 않는다고 보기는 어렵다.

원고는 2019.6.28. 이 사건 요양원을 설립하여 2021.3.30. 폐업하였는바, 그 기간이 2년이 되지 않는다.

게다가 이 사건 요양원의 노인복지시설 요양금 청구기간은 2019.9.10.부터 2019.11.10.까지에 불과하고, 피고 소속 공무원의 2020.6.25. 현장출장 시에도 이 사건 요양원은 운영하지 않고 있는 상태였던바, 이 사건 요양원의 실제 운영기간은 더 짧았던 것으로 보인다.

따라서 원고가 이 사건 부동산을 ○○○에게 매각할 당시 이 사건 부동산을 노인복지시설 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태였다.

지방세특례제한법 제178조 제2호에서 정하는 '직접 사용' 여부는 취득세 납세의무자별로 개별적으로 판단하여야 하므로, ○○○의 위 요양원 운영을 원고가 '직접' 이 사건 부동산을 노인복지시설 용도로 사용하는 것이라고 볼 수도 없는 점, 원고는 위와 같이 장기요양기관 지정을 받을 수 없는 결격사유에 해당하여 노인복지시설을 운영할 수 없는 점 등을 모아 보면, 원고의 주장과 같이 ○○○이 새로 요양원을 개설·운영한 사정을 들어 원고가 이 사건 부동산을 ○○○에게 매각할 당시 이 사건 부동산을 노인복지시설 용도로 직접 사용한 기간이 2년 이상이라고 볼 수는 없다.

설령 원고가 주장하는 사정들이 인정된다고 하더라도 그러한 사정은 경정청구의 인용 여부, 즉 과세요건의 충족 여부에 관한 구체적인 사정들이어서 그러한 사정들을 오인한 하자가 있다고 하더라도 그 하자는 명백하다고 할 수 없으므로, 이 사건 처분을 무효라고 볼 수는 없다.

■ 판례 해설

1. 취득세 감면은 국가 및 지방자치단체가 특정 공공정책의 실현을 촉진하기 위하여 활용하는 대표적인 정책적 조세수단이다.

일정한 정책목적을 달성하기 위하여 조세부담을 완화함으로써 민간의 행위를 유도하는 기능을 수행한다.

취득세 감면에 관한 규정은 주로 「지방세특례제한법」에 두어져 있으며, 그 체계는 정책 분야별로 구조화되어 있다.

구체적으로는 ▲농어업 지원(제6조 내지 제16조), ▲사회복지 지원(제17조 내지 제40조의3), ▲교육 및 과학기술 지원(제41조 내지 제49조의2), ▲문화·관광 지원(제50조 내지 제55조), ▲기업구조 및 재무조정 지원(제56조 내지 제62조의2), ▲수송 및 교통 지원(제63조 내지 제72조), ▲국토 및 지역개발 지원(제73조 내지 제84조), ▲공공행정 지원(제85조 내지 제92조의2) 등 광범위한 영역에 걸쳐 규율하고 있다.

이처럼 취득세 감면 제도는 사실상 대부분의 공공정책 영역을 아우르는 제도적 장치로 기능하고 있으며, 정책수단으로서의 활용도와 범위에 비추어 볼 때 공공정책 수행에 있어 필수적인 조세적 인센티브 역할을 하고 있다.

과장하여 표현하면, 새로운 국가 정책에 대부분 수반되는 '약방의 감초'에 해당한다고 평가할 수 있다.

2. 취득세 감면의 사후관리: 정책목적 달성의 실효성을 담보하기 위하여 모든 취득세 감면은 납세자에 일정기간 감면목적 사업에 부동산을 사용해야 하는 사후관리 의무를 규정하고 있다.

각 개별 감면 조문에서 감면조문과 더불어 개별적으로 사후관리 규정을 같이 규정한 감면이 있고, 그렇지 않은 경우 일반 취득세 모든 감면에 대하여 적용되는 일반적인 사후관리 규정을 두고 있다(지방세특례제한법 제178조).

동 조항에 따르면, 부동산을 취득한 자는 취득일부터 1년 이내에 해당 감면 목적 용도로 직접 사용을 개시하여야 하며(제1항 제1호), 일단 사용을 개시한 경우에는 정당한 사유가 없는 한 최소 2년 이상 이를 해당 용도로 직접 사용하여야 한다.

이를 위반하는 경우에는 감면된 취득세가 추징된다.

이와 같은 구조는 결과적으로 최소 3년(사용 개시 1년 + 의무 사용 2년)에 걸친 관리 체계를 형성하게 된다.

과세관청은 이 기간 동안 납세자가 감면 목적에 따라 부동산을 직접 사용하고 있는지를 현지 확인 등을 통하여 관리·점검한다.

만약 사업 진행 과정에서 납세자가 정당한 사유로 직접 사용을 지속하지 못하는 사정이 발생하는 경우에는, 그 사유의 존부 및 정당성에 따라 감면세액 추징, 혹은 사후관리기간 연장 등의 판단이 이루어지게 된다.

한편, 실무상으로는 납세자가 최초 취득 당시 감면을 신청·적용받은 이후 장기간이 경과하면서 의무기간을 간과하거나, 사업 부진·자금 사정 등의 이유로 부동산을 매각하거나 다른 용도로 사용하는 사례가 빈번하게 발생한다.

이 경우 과세관청은 감면 목적 외 사용 또는 의무기간 미충족을 이유로 감면된 취득세를 추징하게 된다.

이에 대해 납세자는 사용의 계속성, 직접성, 정당한 사유의 존재 등을 다투며 불복절차에 이르게 되고, 관련 분쟁이 지속적으로 발생하고 있다.

3. 이 사건에서 원고는 지방세특례제한법 제20조 제1호에 따라 무료노인복지시설을 설치·운영할 목적으로 이 사건 부동산을 취득하였다.

원고는 취득 당시 해당 규정에 근거하여 취득세 감면을 신청하였고, 그 결과 약 4,600만 원(0.46억 원)의 취득세를 감면받았다.

그러나 원고는 사업 운영 과정에서 형사처벌을 받아 수형하게 되었고, 그로 인하여 노인장기요양보험법 제32조의2 제5호(금고 이상의 실형을 선고받은 경우 장기요양기관을 설치·운영할 수 없음)에 따른 결격사유에 해당하게 되었다.

이에 따라 원고 명의의 장기요양기관 지정은 취소되었다.

원고는 지정 취소 직후 이 사건 부동산의 소유권을 배우자에게 이전하였고, 배우자가 새로운 장기요양기관의 장으로 지정받아 해당 부동산에서 노인복지시설을 운영하게 되었다.

배우자 또한 부동산을 새로 취득한 것을 전제로, 같은 법 제20조 제1호에 따라 취득세 감면을 신청하여 감면을 적용받았다.

피고 처분청은 원고가 감면 목적 용도로의 직접 사용기간을 2년간 유지하지 못한 채 이 사건 부동산을 배우자에게 매각하였다고 보아, 사후관리 규정인 지방세특례제한법 제178조 제1항 제2호에 따라 감면된 취득세를 추징하는 부과처분을 하였다.

이에 대하여 원고는, 비록 감면 부동산을 배우자에게 이전한 것은 사실이나, 배우자는 실질적으로 경제적 공동체를 이루는 동일 생활공동체 구성원으로서 하나의 단위로 보아야 하므로, 결과적으로는 감면 목적 용도로 계속 직접 사용한 것과 다름이 없다고 주장하며 경정청구를 제기하였다.

그러나 피고는 배우자는 원고와 별개의 권리·의무의 주체에 해당하고, 취득세의 납세의무 및 감면요건 충족 여부 역시 각 취득자별로 개별 판단하여야 한다는 이유로, 원고의 주장을 받아들이지 아니하고 경정청구를 거부하였다.

원고는 피고로부터 경정청구 거부처분을 통지받은 이후 약 5개월이 경과한 시점에 조세심판원에 심판청구를 제기하였다.

그러나 지방세기본법 제91조는 심판청구 제기기간을 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내로 규정하고 있는바, 조세심판원은 제소기간을 도과하였다는 이유로 원고의 청구를 본안 판단 없이 '각하'하였다.

이에 원고는 불복절차상 기간 제한의 적용을 받지 않는다는 점에 착안하여, 이 사건 부과처분이 중대하고 명백한 하자가 있는 무효처분에 해당한다고 주장하면서 행정소송법 제38조에 따른 부과처분 무효확인소송을 제기하게 되었다.

법원은 조세법규는 엄격하게 해석하여야 한다는 원칙에 따라, 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호의 규정을 근거로 '직접 사용'의 의미를 해석하였다.

동 규정은 직접 사용을 "소유자가 해당 사업목적에 사용하는 것"으로 정의하고 있는바, 이는 감면을 적용받은 취득자 본인이 목적사업에 사용하여야 함을 전제로 한다고 보았다.

이에 따라 법원은 원고가 감면 의무사용기간인 2년이 경과하기 전에 이 사건 부동산을 배우자에게 매각한 이상, 지방세특례제한법 제178조 제1항 제2호에 따른 추징 요건이 충족된다고 판단하였다.

따라서 감면된 취득세를 부과한 피고의 처분에 위법이 없다고 보아, 원고의 청구를 배척하였다.

아울러 법원은 설령 원고의 주장에 일부 수긍할 여지가 있다고 하더라도, 무효확인소송이 인용되기 위해서는 해당 처분에 일반적인 위법의 정도를 넘어서는 '중대하고 명백한 하자'가 존재하여야 한다는 점을 전제하였다.

그러나 이 사건 부과처분은 객관적으로 명백한 법령 위반이나 중대한 하자가 존재한다고 보기 어렵다고 보았다.

결국 법원은 피고의 부과처분에 중대하고 명백한 하자가 있다고 볼 수 없다는 이유로, 원고의 무효확인청구를 받아들이지 아니하였다.

4. 원고는 심판청구 제기기간 90일을 도과함에 따라 조세심판원으로부터 '각하' 결정을 받게 되자, 그 불이익을 회피하기 위하여 '부과처분의 무효확인'을 구하는 행정소송을 제기하였다.

그러나 무효확인소송은 제소기간 내에 제기하여야 하는 취소소송(행정소송법 제20조 제1항)에 비하여 원고에게 훨씬 엄격한 요건이 적용되는 소송형태이다.

제소기간을 준수하지 못한 결과에 대한 납세자의 당연한 부담이다.

조세법률관계는 신속하고 확정적인 법적 안정성이 요구되는 영역이므로, 관련 법령은 처분이 있음을 안 날부터 90일이라는 불복기간을 두어 권리구제의 범위를 제한하고 있다.

이는 과세관계의 조속한 확정을 통하여 법적 안정성과 행정의 효율성을 확보하려는 취지이다.

다만, 과세처분이 그 하자의 정도에 있어 법질서상 도저히 용인될 수 없는 수준에 이른 경우까지 단지 제소기간이 경과하였다는 이유만으로 부과처분을 존치시킬 수는 없다.

'행정소송법'은 무효확인소송을 별도로 규정하고, 제소기간의 제한 없이 그 효력을 다툴 수 있도록 하고 있다(제38조).

그러나 제소기간의 제한이 없는 대신, 무효확인소송에서는 처분에 '중대하고 명백한 하자'가 존재하여야 하며, 그에 대한 입증책임은 원칙적으로 원고인 납세자에게 있다.

단순한 위법 또는 해석상 다툼이 있는 정도로는 부족하고, 객관적으로 명백한 중대 하자가 인정되어야 한다는 점에서 취소소송과 구별된다(대법원 2014두2980 판결 등 참조).

※참고문헌 : 취득세 판례분석(저자 : 김홍권, 출판 : 삼일인포마인)

[출처 : 조세일보]