이에 대해 국세심판원은 다음과 같이 결정했다.
 
「상속세 및 증여세법」에 의하면 종교·자선·학술 등 공익법인에 상속세 신고기한(상속개시일이 속하는 달의 말일부터 6개월) 이내에 출연한 재산은 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다고 규정하고 있다. 다만, 재산의 출연에 있어서 법령상 또는 행정상의 사유로 출연재산의 소유권 이전이 지연되는 경우에는 그 사유가 종료된 날부터 6월까지 그 출연을 이행하는 경우에 한하여 출연재산으로 인정할 수 있는 것으로 규정하고 있다. 그리고 「농지법」에 의하면 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 이를 소유하지 못한다고 규정하고 있다. 상속세 과세가액에 산입하지 아니하는 공익법인 출연재산의 출연시기는 쟁점부동산과 같이 권리의 이전에 등기를 요하는 출연재산의 경우에는 상속세 신고기한까지 등기에 의하여 소유권이 이전된 경우에 한하여 출연재산으로 인정되는 바, 상속인들이 쟁점부동산을 출연하였다는 C교회는 이 건 상속세 신고기한 내 출연에 따른 소유권이전등기를 하지 아니하였다. 또한 농지법상 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 이를 소유하지 못하는 것으로 규정하고 있어 농업인 또는 농업법인이 아닌 교회에 농지인 쟁점부동산을 출연 등기하기는 현행법상 불가능하다 할 것이며, 교회기부재산 운용 사실만으로는 쟁점부동산을 공익법인의 출연재산으로 인정하기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 이를 출연재산에서 배제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단하여 심판청구를 기각했다. [국심2004서1673 (2004.10.16.)]

 

이 심판결정은 농지 등 공익법인이 취득할 수 없는 상속재산을 출연하는 경우와 같이, 법률 등에 의한 출연재산의 요건미비로 인하여 공익법인의 소유가 불가능한 경우에는 공익법인의 출연재산으로 인정하여 과세 제외되기 어렵다는 것을 확인한 데 그 의의가 있다.